Attiré par ses filons débordants de riche minerai, le mineur Alec Mason débarque sur la planète Mars en quête d'une nouvelle vie. Mais les promesses d'un futur radieux ne durent qu'un temps ; l'Earth Defense Force, autrefois chargée de protéger les colons de Mars, s'est choisi de nouvelles méthodes bien plus répressives, faisant la part belle aux points de contrôle et aux patrouilles armées omniprésentes. La violence est à son comble, et une force de résistance souterraine connue sous le nom de "Red Faction" rassemble peu à peu ses recrues pour combattre l'EDF. La nouvelle vie rêvée par Mason se transforme vite en véritable quête pour la survie, et le sort de la planète est désormais entre ses mains, et celles de la Red Faction.