新天地を求め、鉱脈豊かとうたわれる火星に降り立った採掘技師アレック・メイソン。しかし、彼のかすかな希望はすぐに薄れてしまう。かつては火星移住民たちの「保護者」として迎えられた地球防衛軍（EDF）は、検問所を数多く設け、武装パトロールの強化を進めていた。弾圧の強まる中、EDFに対抗すべく結成された地下抵抗組織「レッドファクション」も、急速に力をつけていた。メイソンの新たなる人生を求めた旅は、生存への戦いと変わり、そして「赤い惑星」の未来は彼と「レッドファクション」に委ねられた。